Биләмәләрҙе борондан Юрматы ырыуы башҡорттары төйәк иткән. Рәсәйгә ҡушылғас, ул Нуғай даруғаһының Юрматы улысына ҡарай башлаған. 1759 йылда Тор йылғаһы ярына Верхотор баҡыр иретеү заводы төҙөлгән. Ошо ваҡытта тәүге урыҫ ауылдары барлыҡҡа килгән. Заводта 140-лап рудник иҫәпләнгән, ул 1913 йылға тиклем эшләгән.
1919 йылда район биләмәһе Бәләкәй Башҡортостандың Юрматы кантонына инә. 1922 йылда Оло Башҡортостан булдырылғас, Стәр­летамаҡ районына ҡарай. 1930 йылдан башлап республикала 48 район барлыҡҡа килә, шулар араһында Верхотор, Петровск райондары ла (һуңғараҡ Маҡар) була. ВЦИК-тың 1937 йылдың 20 мартындағы ҡарары менән үҙәге Ишембай эшселәр ҡасабаһы булған Ишембай районы төҙөлә. Тағы бер нисә административ-территориаль үҙгәртеүҙән һуң район 1965 йылдың 14 ғинуарынан яңы тарихын башлай. 2000 йыл башынан — ҡала һәм райондың берҙәм хакимиәте, 2006 йылдан Ишембай муниципаль районы булдырыла.
Ҡала тарихы башҡорт нефтен асыу, үҙләштереү һәм эшкәртеү менән бәйле. 1932 йылда Ишембай ауылындағы 702-се скважинанан нефть фонтаны урғыла. Республикала беренсе нефть промыслаһы барлыҡҡа килә. 1936 йылда тәүге нефть ҡыуыу заводы төҙөлә.
Бөйөк Ватан һуғышында ҡала һәм райондан 26 меңгә яҡын кеше ҡатнаша, шуларҙың 9 меңдән ашыуы тыуған яҡтарына әйләнеп ҡайтмай. Фронтта һәр бишенсе танк һәм самолет Ишембай нефтенән алынған яғыулыҡҡа эшләй.
Рәсәй йылъяҙмаһына Ишембай башҡорт нефтен тәүләп асыусы, “Икенсе Баҡы” булараҡ инде. Нефть, газ табыуҙан тыш, ҡаланың иҡтисади ҡеүәтен машиналар эшләү, химия, еңел һәм аҙыҡ-түлек сәнәғәте билдәләй.